Relégué depuis son enfance au fin fond du palais pour cause d' "incapacité", il devint l'héritier du trône après la mort de son frère aîné Yvan Yvanovitch en 1581. 
Pourtant en 1583, une des épouses d'Yvan le Terrible (la 6ème?) mit au monde un autre fils Dimitri... Mais ce fut bel etbien Fédor qui monta sur le trône en 1584, sousla protection d'un personnage qui  sera le véritable dirigeant de la Russie : son beau-frère Boris Godounov.
Les auteurs décrivent le jeune tsar comme "sans bonté et sans malice", ne sachant presque pas parler, laissé à l'abandon depuis son enfance qu'il passa à sonner les cloches des offices religieux du Kremlin et à élever des pigeons.

Après avoir tenté de mariersa soeur Irène à Yvan, le premier héritier du trône, Boris Godounov réussit à lui faire épouser le second : Fédor.  On dit que cette jeune femme était fort belle et intelligente, dévouée à son frère. Elle fut pour l'infantile Fédor une compagne heureuse, s'associant aux divertissements dontil raffolait comme les combats d'ours... Ils  eurent une fille, Feodosia Fedorovna, née en 1592  qui ne vécut pas plus de deux années.
Le tsar passait le plus clair de son temps au nombreux offices religieux de la journée puis recevait artisans et orfèvres qui lui proposaient leurs ouvrages, dont il était grand amateur et distribuait généreusement à son entourage. Le soir enfin il assistait avec la cour à des spectacles diversde batteleurs et de montreurs d'ours.

Dyptique-reliquaire don du tsar Fédor Ivanovitch à la tsarine Irène en 1589. A gauche : icône en or,émail,pierres précieuses et perles, représentant la Vierge et l'Enfant. A droite : niélure sur or, l'icône de Sainte Irène.

Sous son règne (ou devrait-on diresous le règne du "régent" Godounov?) la Russie  reprenddes relations commerciales et diplomatiques avec les grands royaumes occidentaux : l'Angleterre avec Elisabeth Ière, la France et la Pologne.

Profitant des luttes entre la Pologne et la Suède, les russes (avec le tsar lui-même à la tête des troupes) reprennent à la Suède les territoires de Livonie (sauf Narva) perdus en 1582 par Yvan IV.
En 1586 la moscovie agrandit ses territoires vers la Géorgie oirentale, en acceptant d'être le protecteur du petit royaume de Kakhétie
La conquête de la Sibérie commencée sous Yvan IV, continue jusqu'en 1586, malgré la mort d'Ermak, chef d'une troupe de 640 cosaques du Don. La première ville russe sibérienne est fondée en 1586 : Tioumen.